2013 року Мельник був затриманий під час отримання від двох громадян хабарів за вступ їхніх родичів до Національного університету Державної податкової служби.
У Києві, в 61-річному віці від двосторонньої пневмонії помер колишній ректор Національного університету Державної податкової служби України, екс-депутат Верховної Ради Петро Мельник, повідомляє Україна молода з посиланням на друзів сім'ї.
Мельник помер в лікарні Феофанія.
Пізніше цю інформацію підтвердив і адвокат колишнього нардепа Ігор Черезов.
"Серце не витримало... Він так мріяв про закінчення багаторічних судових позовів", - написав адвокат на своїй сторінці в Facebook.
Мельник почав працювати в Ірпінському індустріальному технікумі в 1978 році, а з 1991 року очолив його. Технікум Мельник зміг перетворити в новий ВНЗ, який у 2006 році назвали Національний університет Державної податкової служби України.
Мельник залишався незмінним ректором університету до 1 серпня 2013 року, коли його затримали за отримання хабарів з метою сприяння поступленню в очолюваний ним ВНЗ.
Після обрання йому запобіжного заходу у вигляді домашнього арешту, Мельник позбувся електронного браслета і втік з країни. Повернувся в Україну він тільки в квітні 2014 року.
24 червня 2014 року Головне слідче управління МВС завершило досудове розслідування у кримінальному провадженні за фактами отримання Мельником хабарів і направило обвинувальний акт до Ірпінського міського суду Київської області.
8 липня 2014 року Ірпінський міський суд виніс виправдувальний вирок Мельнику. Генеральна прокуратура України оскаржила цей вирок.
4 листопада 2015 року Апеляційний суд Києва скасував виправдувальний приговор колишньому ректору Національного університету державної податкової служби, проте в грудні 2017 року Мельника знову виправдали.